La Soprintendenza è strutturata in sette aree funzionali che hanno lo scopo di supportare il Soprintendente nelle attività di tutela del territorio di pertinenza, con le competenze tecnico-scientifiche di settore (patrimonio archeologico, architettonico, storico-artistico, demoetnoantropologico, paesaggio), con le competenze di studio e ricerca e con le competenze più propriamente amministrative (organizzazione e funzionamento).
In ultimo, si aggiungono competenze trasversali di diretto supporto al Soprintendente (segreteria, comunicazione, trasparenza e monitoraggio) ed altre di supporto specifico sia al Soprintendente sia alle aree funzionali (archivio documentale, biblioteca, contenzioso).

SOPRINTENDENTE
Arch. Anita GUARNIERI
SEGRETERIA DI DIREZIONE
Responsabile: dott.ssa Giuseppina BRUNO
Addetti: dott.ssa Rosarita COLAVITO; sig.ra Maria MINERVINI
COMUNICAZIONE
Responsabile: arch. Anita GUARNIERI
Addetti: dott.ssa Rosarita COLAVITO
ARCHIVIO DOCUMENTALE
Responsabile: dott.ssa Serena VASCIMINNO
Addetti: Sig. Michele DEL DUCA
BIBLIOTECA
Responsabile: Arch. Anita GUARNIERI
Addetti: sig.ra Michela BOZZA
CONTENZIOSO
Responsabile: Dott.ssa Serena VASCIMINNO
TRASPARENZA E MONITORAGGIO
Responsabile: Arch. Anita Guarnieri
Addetti: dott.ssa Giuseppina BRUNO
AREA I ORGANIZZAZIONE E FUNZIONAMENTO
Responsabile: Dott.ssa Giuseppina BRUNO
Ufficio protocollo e gestione flussi documentali
Responsabile: Dott.ssa Giuseppina BRUNO
Addetti: Dott. Gerlando ALLETTO, Dott. Massimo CENTRA, Dott.ssa Rosarita COLAVITO, Sig. Leonardo Giuseppe D’APOTE, Dott.ssa Rosangela Virginia DILEO, Sig. Daniele GIANNATIEMPO, Sig.ra Maria MINERVINI, Dott.ssa Concetta TETTA, Dott.ssa Anna CHIAPPARINO, Dott. Francesco DE MICHELE, Ing. Giuseppe MAGGIO
Ufficio Contabilità
Responsabile: Arch. Anita GUARNIERI
Addetti: dott.ssa Giuseppina BRUNO, Sig. Michele DEL DUCA, sig. Stefano SCOPIGNO.
Ufficio Gare e Contratti
Responsabile: Arch. Viviana BALDASSARRE
Funzionari: Arch. Viviana BALDASSARRE, Dott.ssa Annalinda IACOVIELLO
Assistenti amministrativi: Dott.ssa Raffella CAMPAGNA, Dott. Luigi RICCIARDI, sig. Stefano SCOPIGNO, Dott.ssa Alessandra DATTOLI
Ufficio Personale
Responsabile: Dott.ssa Giuseppina BRUNO
Addetti: Sig. Daniele GIANNATIEMPO
Ufficio del Consegnatario
Consegnatario: sig. Stefano SCOPIGNO
Sostituto Consegnatario: sig. Michele DEL DUCA
Centralino e Accoglienza
Per la sede di Foggia: sig.ra Michela BOZZA, Sig. Claudio Raimondo PATELLA, sig. Rosario SARCONE
Per la sede distaccata in Trani: sig.ra Maria MINERVINI.
AREA II PATRIMONIO ARCHEOLOGICO
Responsabile: dott. Italo Maria MUNTONI
Funzionari: dott.ssa Annalinda IACOVIELLO, dott.ssa Donatella PIAN.
Addetti: dott. Gerlando ALLETTO, dott.ssa Concetta TETTA.
AREA III PATRIMONIO STORICO-ARTISTICO
Responsabile: Dott.ssa Gaia CAULA
Funzionari: dott.ssa Gaia CAULA, dott.ssa Giulia Maria LOMBARDI.
Addetti: Dott.ssa Anna CHIAPPARINO
AREA IV PATRIMONIO ARCHITETTONICO
Responsabile: Arch. Giuseppe Francesco ROCIOLA
Funzionari: Arch. Federica ALBERGA, arch. Viviana BALDASSARRE, arch. Federica CARRIERI, arch. Daniela FABIANO, arch. Giuseppe Francesco ROCIOLA, arch. Eligio SECCIA.
Addetti: Dott. Massimo CENTRA, Sig. Leonardo Giuseppe D’APOTE, dott.ssa Rosangela Virginia DILEO, Dott.ssa Concetta TETTA, Dott. Francesco DE MICHELE, Dott.ssa Anna CHIAPPARINO, Ing. Giuseppe MAGGIO.
Ufficio Vincoli
Responsabile: Arch. Anita GUARNIERI
Addetti: sig. Michele DEL DUCA, dott. Francesco FILANNINO, dott.ssa Federica FIORELLA, dott.ssa Giovanna CASORIA
AREA V PATRIMONIO DEMOETNOANTROPOLOGICO
Responsabile: Dott.ssa Donatella PIAN
AREA VI PAESAGGIO
Responsabile: Arch. Eligio SECCIA
Funzionari: Arch. Federica ALBERGA, arch. Viviana BALDASSARRE, arch. Federica CARRIERI, arch. Daniela FABIANO, arch. Giuseppe Francesco ROCIOLA, arch. Eligio SECCIA
Addetti: Dott. Massimo CENTRA, sig. Leonardo Giuseppe D’APOTE, dott.ssa Rosangela Virginia DILEO, Dott.ssa Concetta TETTA, Dott. Francesco DE MICHELE, Dott.ssa Anna CHIAPPARINO, Ing. Giuseppe MAGGIO.
AREA VII EDUCAZIONE E RICERCA
Responsabile: Arch. Daniela FABIANO